Bakterie panelowe do oznaczania ilościowego zapalenia płuc
Bakterie wykorzystują systemy koniugacji, podrodzinę systemów wydzielniczych typu IV, do przenoszenia DNA do komórek biorcy. Pomimo 50 lat badań, architektura i mechanizm działania kanału pośredniczącego w przenoszeniu DNA przez otoczkę komórkową bakterii pozostają niejasne. Stosując czuły, policzalny test zwany transferową immunoprecypitacją DNA (TrIP), identyfikujemy kontakty między substratem DNA (T-DNA) a 6 z 12 składnikami systemu koniugacji VirB/D4 fitopatogenu Agrobacterium tumefaciens. Nasze wyniki definiują ścieżkę translokacji substratu DNA przez bakteryjną maszynę do koniugacji, określając udział każdej podjednostki aparatu wydzielniczego w pasażu substratu.
Zegar replikacji Mycobacterium tuberculosis.
- Istnieje niewiele narzędzi do oceny replikacji przewlekłych patogenów podczas infekcji. Stanowiło to poważną przeszkodę w zrozumieniu utajonej gruźlicy, a wysiłki zmierzające do opracowania nowych terapii ogólnie zakładają, że bakterie replikują się bardzo powoli lub nie replikują w okresie utajenia.
- Aby monitorować replikację Mycobacterium tuberculosis w gospodarzu, wykorzystujemy niestabilny plazmid, który jest tracony w stałym, mierzalnym tempie z dzielących się komórek przy braku selekcji antybiotykami.
- Stosując model matematyczny, obliczamy wskaźniki wzrostu i śmiertelności bakterii podczas infekcji myszy.
- Pokazujemy, że podczas przewlekłej infekcji, skumulowane obciążenie bakteryjne , wyliczając całkowite żywe, martwe i usunięte organizmy napotkane przez płuco myszy, jest znacznie wyższe niż oszacowane dla jednostek tworzących kolonie.
- Nasze dane pokazują, że M. tuberculosis rozmnaża się w trakcie przewlekłej infekcji myszy i jest hamowany przez układ odpornościowy gospodarza. Takie podejście może również rzucić światło na dynamikę replikacji innych przewlekłych patogenów.
Bakterie śluzówkowe i inwazyjne u pacjentów z nieswoistym zapaleniem jelit w porównaniu z grupą kontrolną.
- Podejrzewa się, że endogenne bakterie jelitowe i/lub specyficzne patogeny bakteryjne biorą udział w patogenezie nieswoistych zapaleń jelit (IBD). Celem tego badania było zbadanie tkanek IBD dla różnych grup populacji bakterii posiadających powierzchnię błony śluzowej i/lub naciekających błonę śluzową.
- Skrawki tkanek z resekcji chirurgicznych końcowego odcinka jelita krętego i/lub okrężnicy od 24 pacjentów z IBD (12 aktywnych wrzodziejącego zapalenia jelita grubego (UC), 12 aktywnych chorób Crohna (CD)) i 14 kontroli bez IBD zbadano metodą fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ na wymiernej podstawie.
- Na powierzchni błony śluzowej pacjentów z IBD wykryto więcej bakterii niż w grupie kontrolnej bez IBD (P < 0,05). Inwazja bakteryjna błony śluzowej była widoczna w 83,3% próbek okrężnicy od pacjentów z WZJG, w 55,6% jelita krętego i 25% próbek okrężnicy od pacjentów z CD, ale nie wykryto bakterii w tkankach kontroli.
- Próbki UC jelita grubego zostały skolonizowane przez różne organizmy, takie jak bakterie należące do podgrupy gamma bakterii Proteo, bakterie Entero ceae, klaster Bacteroides/Prevotella, grupa Clostridium histolyticum/Clostridium lituseburense, grupa Clostridium coccides/Eubacterium rectale, wysokie bakterie G + C Gram-dodatnie lub bakterie redukujące siarczany , podczas gdy próbki CD zawierały głównie bakterie należące do pierwszych trzech grup.
- Zdarzenia patogenne w CD i UC mogą być związane z różnymi zmianami we florze śluzówki jelita krętego i okrężnicy.
Gdzie mikrobiologia spotyka się z mikroinżynierią: projektowanie i zastosowania bakterii reporterowych.
Bakterie od dawna są celem manipulacji genetycznych, ale ostatnio zostały syntetycznie zaprojektowane do wykonywania określonych zadań. Jednym z najprostszych z tych zadań jest wykrywanie związków chemicznych i toksyczności w połączeniu z wytwarzaniem wymiernego sygnału reporterowego. W tym przeglądzie opisujemy obecny projekt bioreporterów bakteryjnych i ich zastosowanie w szeregu testów do pomiaru obecności szkodliwych substancji chemicznych w wodzie, powietrzu, glebie, żywności lub próbkach biologicznych. Zwrócono również uwagę na nowe trendy w integracji biologii syntetycznej i mikroinżynierii z projektowaniem platform bioreporterów bakteryjnych .
Rozbieżność ilościowa bakteryjnej mikrobioty korzeni u krewnych Arabidopsis thaliana.
- Rośliny żywią się w strefie kontaktu z glebą charakterystyczną mikrobiotą bakteryjną związaną z korzeniami , która, jak się uważa, działa w odżywianiu i zdrowiu roślin. Zbadaliśmy różnorodność mikroflory korzeniowej w ramach filogenetycznych gospodarzy: trzy
- Ekotypy Arabidopsis thaliana wraz z siostrzanymi gatunkami Arabidopsis halleri i Arabidopsis lyrata oraz Cardamine hirsuta, która odbiegała od poprzedniego – 35 Mya.
- Zbadaliśmy ich mikrobiotę w kontrolowanych warunkach środowiskowych oraz A. thaliana i C. hirsuta w dwóch naturalnych siedliskach. Głębokie profilowanie genów 16S rRNA korzeni i odpowiednich próbek gleby pozwoliło zidentyfikować łącznie 237 mierzalnych rybotypów bakterii , z których średnio 73 członków społeczności zostało wzbogaconych w korzenie.
- Skład tej mikroflory korzeniowej zależy bardziej od interakcji ze środowiskiem niż z gatunkami żywicieli. Różnorodność mikroflory gatunków między żywicielami jest w dużej mierze ilościowa i jest większa między trzema
- Arabidopsis niż trzy ekotypy A. thaliana. Mikrobiotę specyficzną dla gatunku gospodarza zidentyfikowano na poziomie poszczególnych członków społeczności, grup taksonomicznych i całych zbiorowisk korzeni.
- Większość tych sygnatur zaobserwowano w odległej filogenetycznie C. hirsuta. Jednak kolejność rozgałęzień filogenezy żywiciela jest niezgodna z międzygatunkową różnorodnością mikroflory korzeniowej, co wskazuje, że sama odległość filogenetyczna żywiciela nie może wyjaśnić zróżnicowania mikroflory korzeniowej.
- Nasza praca ujawnia w ciągu 35 mln lat od rozbieżności gospodarzy w dużej mierze zachowaną i taksonomicznie wąską mikrobiotę korzeniową, która obejmuje stabilnych członków społeczności należących do bakterii Actinomycetales, Burkholderiales i Flavo .
Zewnątrzkomórkowy DNA w jedno- i wielogatunkowych nienasyconych biofilmach.
- Pozakomórkowe substancje polimerowe (EPS) biofilmów bakteryjnych tworzą uwodnioną barierę między komórkami a ich środowiskiem zewnętrznym. Lepsza charakterystyka EPS może być przydatna w zrozumieniu fizjologii biofilmu.
- EPS są chemicznie złożone i zmieniają się zarówno pod wpływem szczepu bakterii , jak i warunków hodowli.
- Wcześniej informowaliśmy, że nienasycony biofilm EPS Pseudomonas aeruginosa zawiera duże ilości zewnątrzkomórkowego DNA (eDNA) (RE Steinberger, AR Allen, HG Hansma i PA Holden, Microb. Ecol. 43:416-423, 2002).
- Tutaj zbadaliśmy składowe podobieństwo eDNA do DNA komórkowego, względną ilość eDNA i profil społecznościowy polimorfizmu długości końcowych fragmentów restrykcyjnych (TRFLP) eDNA w biofilmach wielogatunkowych. Analiza losowo zamplifikowanego polimorficznego DNA wykazała, że komórkowy DNA i eDNA są identyczne dla biofilmów P. aeruginosa.
- Istotnie więcej eDNA wytworzono w biofilmach P. aeruginosa i Pseudomonas putida niż w biofilmach Rhodococcus erythropolis czy Variovorax paradoxus.
- Chociaż ilość eDNA w biofilmach dwugatunkowych była tego samego rzędu wielkości, co w biofilmach jednogatunkowych, ilości te nie były przewidywalne na podstawie pomiarów pojedynczego szczepu.
- Na podstawie wskaźnika różnorodności Shannona i analizy głównych składowych profili TRFLP wygenerowanych z genów 16S rRNA, eDNA czterogatunkowych biofilmów różniło się znacznie od komórkowego lub całkowitego DNA tego samego biofilmu.
NATtrol Pneumonia Panel-Quantifiable Bacteria (17 x 0.2 mL, 3 x 1.2 mL) |
|||
| NATPPQ-BIO | Zeptometrix | 17 x 0.2 mL, 3 x 1.2 mL | 719.76 EUR |
NATtrol Pneumonia Panel-Atypical Bacteria & Viruses (12 x 0.2mL, 2 x 1.2 mL) |
|||
| NATPPA-BIO | Zeptometrix | 12 x 0.2mL, 2 x 1.2 mL | 521.12 EUR |
pwtCas9- bacteria |
|||
| PVT10641 | Lifescience Market | 2 ug | 301 EUR |
pgRNA- bacteria |
|||
| PVT10642 | Lifescience Market | 2 ug | 301 EUR |
His-Bacteria-Protein (His-Bacteria-Protein) Antibody |
|||
| abx233872-100ug | Abbexa | 100 ug | 551 EUR |
Recombinant Chlamydia Pneumonia |
|||
| 7-07168 | CHI Scientific | 100µg | Ask for price |
Recombinant Chlamydia Pneumonia |
|||
| 7-07169 | CHI Scientific | 500µg | Ask for price |
Recombinant Chlamydia Pneumonia |
|||
| 7-07170 | CHI Scientific | 1000µg | Ask for price |
Chlamydia Pneumonia Protein |
|||
| 20-abx260191 | Abbexa |
|
|
Mycoplasma pneumonia protein |
|||
| 30-1930 | Fitzgerald | 1 mg | 219 EUR |
Chlamydia Pneumonia Protein |
|||
| 30-1980 | Fitzgerald | 100 ug | 354 EUR |
Native Bacteria Achromopeptidase |
|||
| NATE-0022 | Creative Enzymes | 1g | 475 EUR |
pdCas9- Bacteria Plasmid |
|||
| PVT6332 | Lifescience Market | 2 ug | 266 EUR |
Human His-Bacteria-Protein (His-Bacteria-Protein) ELISA Kit |
|||
| abx259620-96tests | Abbexa | 96 tests | 911 EUR |
cDNA from Pneumonia: Lung |
|||
| C1236152Ld-4 | Biochain | 40 reactions | 811 EUR |
Bacteria Genomic DNA Kit |
|||
| 20-abx098080 | Abbexa |
|
|
Gram Positive Bacteria Antibody |
|||
| abx021739-1mg | Abbexa | 1 mg | 1017 EUR |
Gram Positive Bacteria Antibody |
|||
| abx021740-1mg | Abbexa | 1 mg | 1017 EUR |
Bacteria RNA Plus Reagent |
|||
| R402-01 | Vazyme | 20 ml | 130 EUR |
NOCIVE BREWERS BACTERIA AGAR |
|||
| N14-112-10kg | Alphabiosciences | 10 kg | Ask for price |
NOCIVE BREWERS BACTERIA AGAR |
|||
| N14-112-2Kg | Alphabiosciences | 2 Kg | Ask for price |
NOCIVE BREWERS BACTERIA AGAR |
|||
| N14-112-500g | Alphabiosciences | 500 g | Ask for price |
Gram Positive Bacteria Antibody |
|||
| 10-2776 | Fitzgerald | 1 mg | 605 EUR |
Gram Positive Bacteria Antibody |
|||
| 10-2777 | Fitzgerald | 1 mg | 605 EUR |
Gram Positive Bacteria Antibody |
|||
| 10-2778 | Fitzgerald | 1 mg | 448 EUR |
Gram Positive Bacteria Antibody |
|||
| 10-2779 | Fitzgerald | 1 mg | 448 EUR |
Total Protein from Pneumonia: Lung |
|||
| P1236152Ld-4 | Biochain | 1 mg | 461 EUR |
Frozen Tissue Section - Pneumonia: Lung |
|||
| T1236152Ld-4 | Biochain | 5 slides | 465 EUR |
Paraffin Tissue Section - Pneumonia: Lung |
|||
| T2236152Ld-4 | Biochain | 5 slides | 465 EUR |
Pneumonia virus of Mice protein |
|||
| 30-1270 | Fitzgerald | 1 mg | 241 EUR |
Rapid Bacteria RNA Isolation Kit |
|||
| BS8625 | Bio Basic | 50Preps | 79.69 EUR |
Necrotizing hepatopancreatitis bacteria PCR kit |
|||
| PCR-V281-48D | Bioingentech | 50T | 453 EUR |
Necrotizing hepatopancreatitis bacteria PCR kit |
|||
| PCR-V281-96D | Bioingentech | 100T | 572 EUR |
Antibody for Bacteria HSP16.6 (Cyanobacteria) |
|||
| SPC-307D | Stressmarq | 0.1ml | 366 EUR |
Bacteria beta Galactosidase (GLB1) Protein |
|||
| abx670038-5mg | Abbexa | 5 mg | 439 EUR |
anti- His-Bacteria-Protein antibody |
|||
| FNab03872 | FN Test | 100µg | 585 EUR |
Acid Fast Bacteria Stain Kit |
|||
| K1424-125 | Biovision | 338 EUR | |
Acid Fast Bacteria Stain Kit |
|||
| K1424-30 | Biovision | 272 EUR | |
Anti-His-Bacteria-Protein antibody |
|||
| PAab03872 | Lifescience Market | 100 ug | 412 EUR |
ELISA kit for Mouse Pneumonia virus |
|||
| KTE71615-48T | Abbkine | 48T | 354 EUR |
ELISA kit for Mouse Pneumonia virus |
|||
| KTE71615-5platesof96wells | Abbkine | 5 plates of 96 wells | 2252 EUR |
ELISA kit for Mouse Pneumonia virus |
|||
| KTE71615-96T | Abbkine | 96T | 572 EUR |
Pneumonia virus of mice PCR kit |
|||
| PCR-V384-48R | Bioingentech | 50T | 823 EUR |
Pneumonia virus of mice PCR kit |
|||
| PCR-V384-96R | Bioingentech | 100T | 1113 EUR |
RealScreen Chlamydia pneumonia IgA ELISA Kit |
|||
| EL004-096 | GenDepot | 96T | 887 EUR |
RealScreen Chlamydia pneumonia IgG ELISA Kit |
|||
| EL005-096 | GenDepot | 96T | 887 EUR |
RealScreen Chlamydia pneumonia IgM ELISA Kit |
|||
| EL006-096 | GenDepot | 96T | 887 EUR |
ELISA kit for Rat Pneumonia virus |
|||
| KTE101139-48T | Abbkine | 48T | 354 EUR |
ELISA kit for Rat Pneumonia virus |
|||
| KTE101139-5platesof96wells | Abbkine | 5 plates of 96 wells | 2252 EUR |
ELISA kit for Rat Pneumonia virus |
|||
| KTE101139-96T | Abbkine | 96T | 572 EUR |
Frozen Tissue Section Panel - Mouse Whole Brain Segmentation Panel |
|||
| T6334035 | Biochain | 5 slides | 931 EUR |
Paraffin Tissue Section Panel - Mouse Whole Brain Segmentation Panel |
|||
| T8334035 | Biochain | 5 slides | 556 EUR |
Rapid Bacteria Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| BS8225 | Bio Basic | 50Preps | 76.64 EUR |
Mouse antibody for Gram + bacteria LTA |
|||
| 3801 | Virostat | 100 ug | 321.88 EUR |
Mouse antibody for Gram + bacteria LTA |
|||
| 3802 | Virostat | 100 ug | 321.88 EUR |
Mouse antibody for Gram + bacteria LTA |
|||
| 3803 | Virostat | 100 ug | 321.88 EUR |
Mouse antibody for Gram + bacteria LTA |
|||
| 3811 | Virostat | 100 ug | 321.88 EUR |
Necrotizing hepatopancreatitis bacteria RT PCR kit |
|||
| RTq-V281-100D | Bioingentech | 100T | 717 EUR |
Necrotizing hepatopancreatitis bacteria RT PCR kit |
|||
| RTq-V281-150D | Bioingentech | 150T | 808 EUR |
Necrotizing hepatopancreatitis bacteria RT PCR kit |
|||
| RTq-V281-50D | Bioingentech | 50T | 598 EUR |
Bacteria Borrelia burgdorferi (B. burgdorferi) Protein |
|||
| abx670009-1mg | Abbexa | 1 mg | 425 EUR |
Bacteria Mycoplasma pneumoniae (M. pneumoniae) Protein |
|||
| abx670063-1ml | Abbexa | 1 ml | 495 EUR |
Bacteria Chlamydia trachomatis (C. trachomatis) Protein |
|||
| abx670256-1ml | Abbexa | 1 ml | 592 EUR |
Prolysol BC Protein extraction buffer, Bacteria |
|||
| P4100-100 | GenDepot | 100 rxns | 226 EUR |
Acid Fast Bacteria (AFB) Stain Kit |
|||
| FAB-1 | ScyTek Laboratories | 125 ml ea. | 133 EUR |
Acid Fast Bacteria (AFB) Stain Kit |
|||
| FAB-2 | ScyTek Laboratories | 30 ml ea. | 92 EUR |
Acid Fast Bacteria (AFB) Stain Kit |
|||
| FAB-500 | ScyTek Laboratories | 500 ml ea. | 232 EUR |
His-Bacteria-Protein ELISA KIT|Human |
|||
| EF010126 | Lifescience Market | 96 Tests | 689 EUR |
FastPure Bacteria DNA Isolation Mini Kit |
|||
| DC103 | Vazyme | 100 rxn | 177 EUR |
Ribo-off rRNA Depletion Kit (Bacteria) |
|||
| N407-01 | Vazyme | 12 rxn | 423 EUR |
Ribo-off rRNA Depletion Kit (Bacteria) |
|||
| N407-02 | Vazyme | 24 rxn | 680 EUR |
Pneumonia virus of mice RT PCR kit |
|||
| RTq-V384-100R | Bioingentech | 100T | 1311 EUR |
Pneumonia virus of mice RT PCR kit |
|||
| RTq-V384-150R | Bioingentech | 150T | 1787 EUR |
Pneumonia virus of mice RT PCR kit |
|||
| RTq-V384-50R | Bioingentech | 50T | 963 EUR |
Recombinant Chlamydia Pneumonia Protein, His, E.coli-100ug |
|||
| QP11413-100ug | EnQuireBio | 100ug | 218 EUR |
Recombinant Chlamydia Pneumonia Protein, His, E.coli-1mg |
|||
| QP11413-1mg | EnQuireBio | 1mg | 1261 EUR |
Recombinant Chlamydia Pneumonia Protein, His, E.coli-500ug |
|||
| QP11413-500ug | EnQuireBio | 500ug | 663 EUR |
Immunoglobulin Panel Kit (OKSB00001) |
|||
| OKSB00001 | Aviva Systems Biology | 1 Kit | 343 EUR |
Mouse Anti-Gram Positive Bacteria Monoclonal Antibody |
|||
| DMAB3443 | Creative Diagnostics | 1 mg | 1339 EUR |
Mouse Anti-Gram Positive Bacteria Monoclonal Antibody |
|||
| DMAB3444 | Creative Diagnostics | 1 mg | 1339 EUR |
One-Tube Bacteria Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| BS8413 | Bio Basic | 100preps | 78.93 EUR |
One-Tube Bacteria Genomic DNA Isolation Kit |
|||
| BS8414 | Bio Basic | 500Preps, 500prep | 165.71 EUR |
Necrotizing hepatopancreatitis bacteria One-Step PCR kit |
|||
| Oneq-V281-100D | Bioingentech | 100T | 866 EUR |
Necrotizing hepatopancreatitis bacteria One-Step PCR kit |
|||
| Oneq-V281-150D | Bioingentech | 150T | 981 EUR |
Necrotizing hepatopancreatitis bacteria One-Step PCR kit |
|||
| Oneq-V281-50D | Bioingentech | 50T | 718 EUR |
Bacteria Genomic DNA Kit (No RNase A) |
|||
| abx098240-50rxns | Abbexa | 50 rxns | 230 EUR |
Mouse antibody for Neisseria gonorrhoeae intact bacteria |
|||
| 6142 | Virostat | 100 ug | 321.88 EUR |
Mouse antibody for Neisseria gonorrhoeae intact bacteria |
|||
| 6144 | Virostat | 100 ug | 321.88 EUR |
Mouse antibody for Neisseria gonorrhoeae intact bacteria |
|||
| 6145 | Virostat | 100 ug | 321.88 EUR |
EZ E1 (RNA-Be-Locked) Solution- Bacteria |
|||
| RT91712 | Bio Basic | 25ml | 72.62 EUR |
Bacteria Botulinum Neurotoxin Type B (botB) Protein |
|||
| 20-abx600049 | Abbexa |
|
|
MycoLight™ Live Bacteria Fluorescence Imaging Kit |
|||
| 22409 | AAT Bioquest | 100 Tests | 306 EUR |
Pneumonia virus of mice One-Step PCR kit |
|||
| Oneq-V384-100R | Bioingentech | 100T | 1610 EUR |
Pneumonia virus of mice One-Step PCR kit |
|||
| Oneq-V384-150R | Bioingentech | 150T | 2205 EUR |
Pneumonia virus of mice One-Step PCR kit |
|||
| Oneq-V384-50R | Bioingentech | 50T | 1175 EUR |
Rabbit Anti-Mouse Pneumonia Virus (PVM) nucleoprotein antiserum |
|||
| PVMNP14-S | Alpha Diagnostics | 100 ul | 457 EUR |
DiscoveryProbe? Angiogenesis-related Compounds Panel |
|||
| L1001-5 | ApexBio | 5 mg/well | 1065 EUR |
DiscoveryProbe? Apoptosis-related Compounds Panel |
|||
| L1002-5 | ApexBio | 5 mg/well | 2600 EUR |
DiscoveryProbe? Cardiovascular-related Compounds Panel |
|||
| L1004-5 | ApexBio | 5 mg/well | 3274 EUR |
DiscoveryProbe? Metabolism-related Compounds Panel |
|||
| L1013-5 | ApexBio | 5 mg/well | 6348 EUR |
Jednak analizy TRFLP oparte na całkowitym DNA i DNA komórkowym tej społeczności biofilmów dały identyczne wyniki. Dochodzimy do wniosku, że pozakomórkowe wytwarzanie DNA w nienasyconych biofilmach jest zależne od gatunku i że informacja filogenetyczna zawarta w tej puli DNA jest policzalna i różna od całkowitego lub komórkowego DNA.