• June 9, 2022

Bakterie panelowe do oznaczania ilościowego zapalenia płuc

Bakterie  wykorzystują systemy koniugacji, podrodzinę systemów wydzielniczych typu IV, do przenoszenia DNA do komórek biorcy. Pomimo 50 lat badań, architektura i mechanizm działania kanału pośredniczącego w przenoszeniu DNA przez  otoczkę komórkową bakterii  pozostają niejasne. Stosując czuły,  policzalny  test zwany transferową immunoprecypitacją DNA (TrIP), identyfikujemy kontakty między substratem DNA (T-DNA) a 6 z 12 składnikami systemu koniugacji VirB/D4 fitopatogenu Agrobacterium tumefaciens. Nasze wyniki definiują ścieżkę translokacji substratu DNA przez  bakteryjną  maszynę do koniugacji, określając udział każdej podjednostki aparatu wydzielniczego w pasażu substratu.

Zegar replikacji Mycobacterium tuberculosis.

  • Istnieje niewiele narzędzi do oceny replikacji przewlekłych patogenów podczas infekcji. Stanowiło to poważną przeszkodę w zrozumieniu utajonej gruźlicy, a wysiłki zmierzające do opracowania nowych terapii ogólnie zakładają, że  bakterie  replikują się bardzo powoli lub nie replikują w okresie utajenia.
  • Aby monitorować replikację Mycobacterium tuberculosis w gospodarzu, wykorzystujemy niestabilny plazmid, który jest tracony w stałym,  mierzalnym  tempie z dzielących się komórek przy braku selekcji antybiotykami.
  • Stosując model matematyczny, obliczamy   wskaźniki wzrostu i śmiertelności bakterii podczas infekcji myszy.
  • Pokazujemy, że podczas przewlekłej infekcji, skumulowane  obciążenie bakteryjne  , wyliczając całkowite żywe, martwe i usunięte organizmy napotkane przez płuco myszy, jest znacznie wyższe niż oszacowane dla jednostek tworzących kolonie.
  • Nasze dane pokazują, że M. tuberculosis rozmnaża się w trakcie przewlekłej infekcji myszy i jest hamowany przez układ odpornościowy gospodarza. Takie podejście może również rzucić światło na dynamikę replikacji innych przewlekłych patogenów.

Bakterie śluzówkowe i inwazyjne  u pacjentów z nieswoistym zapaleniem jelit w porównaniu z grupą kontrolną.

  • Podejrzewa się, że endogenne  bakterie jelitowe  i/lub specyficzne  patogeny bakteryjne  biorą udział w patogenezie nieswoistych zapaleń jelit (IBD). Celem tego badania było zbadanie tkanek IBD dla różnych  grup populacji bakterii  posiadających powierzchnię błony śluzowej i/lub naciekających błonę śluzową.
  • Skrawki tkanek z resekcji chirurgicznych końcowego odcinka jelita krętego i/lub okrężnicy od 24 pacjentów z IBD (12 aktywnych wrzodziejącego zapalenia jelita grubego (UC), 12 aktywnych chorób Crohna (CD)) i 14 kontroli bez IBD zbadano metodą fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ na wymiernej podstawie.
  •  Na powierzchni błony śluzowej pacjentów z IBD wykryto więcej bakterii niż w grupie kontrolnej bez IBD (P < 0,05). Inwazja bakteryjna błony śluzowej była widoczna w 83,3% próbek okrężnicy od pacjentów z WZJG, w 55,6% jelita krętego i 25% próbek okrężnicy od pacjentów z CD, ale nie   wykryto bakterii w tkankach kontroli.
  • Próbki UC jelita grubego zostały skolonizowane przez różne organizmy, takie jak  bakterie  należące do podgrupy gamma bakterii Proteo, bakterie Entero ceae, klaster Bacteroides/Prevotella, grupa Clostridium histolyticum/Clostridium lituseburense, grupa Clostridium coccides/Eubacterium rectale, wysokie bakterie G + C Gram-dodatnie  lub bakterie redukujące siarczany  , podczas gdy próbki CD zawierały głównie  bakterie należące do pierwszych trzech grup.
  • Zdarzenia patogenne w CD i UC mogą być związane z różnymi zmianami we florze śluzówki jelita krętego i okrężnicy.
Gdzie mikrobiologia spotyka się z mikroinżynierią: projektowanie i zastosowania  bakterii reporterowych.
Bakterie  od dawna są celem manipulacji genetycznych, ale ostatnio zostały syntetycznie zaprojektowane do wykonywania określonych zadań. Jednym z najprostszych z tych zadań jest wykrywanie związków chemicznych i toksyczności w połączeniu z wytwarzaniem  wymiernego  sygnału reporterowego. W tym przeglądzie opisujemy obecny projekt  bioreporterów bakteryjnych  i ich zastosowanie w szeregu testów do pomiaru obecności szkodliwych substancji chemicznych w wodzie, powietrzu, glebie, żywności lub próbkach biologicznych. Zwrócono również uwagę na nowe trendy w integracji biologii syntetycznej i mikroinżynierii z projektowaniem   platform bioreporterów bakteryjnych .

Rozbieżność ilościowa  bakteryjnej  mikrobioty korzeni u krewnych Arabidopsis thaliana.

  1. Rośliny żywią się w strefie kontaktu z glebą charakterystyczną  mikrobiotą bakteryjną związaną z korzeniami  , która, jak się uważa, działa w odżywianiu i zdrowiu roślin. Zbadaliśmy różnorodność mikroflory korzeniowej w ramach filogenetycznych gospodarzy: trzy
  2. Ekotypy Arabidopsis thaliana wraz z siostrzanymi gatunkami Arabidopsis halleri i Arabidopsis lyrata oraz Cardamine hirsuta, która odbiegała od poprzedniego – 35 Mya.
  3. Zbadaliśmy ich mikrobiotę w kontrolowanych warunkach środowiskowych oraz A. thaliana i C. hirsuta w dwóch naturalnych siedliskach. Głębokie profilowanie genów 16S rRNA korzeni i odpowiednich próbek gleby pozwoliło zidentyfikować łącznie 237  mierzalnych rybotypów  bakterii  , z których średnio 73 członków społeczności zostało wzbogaconych w korzenie.
  4. Skład tej mikroflory korzeniowej zależy bardziej od interakcji ze środowiskiem niż z gatunkami żywicieli. Różnorodność mikroflory gatunków między żywicielami jest w dużej mierze ilościowa i jest większa między trzema
  5. Arabidopsis niż trzy ekotypy A. thaliana. Mikrobiotę specyficzną dla gatunku gospodarza zidentyfikowano na poziomie poszczególnych członków społeczności, grup taksonomicznych i całych zbiorowisk korzeni.
  6. Większość tych sygnatur zaobserwowano w odległej filogenetycznie C. hirsuta. Jednak kolejność rozgałęzień filogenezy żywiciela jest niezgodna z międzygatunkową różnorodnością mikroflory korzeniowej, co wskazuje, że sama odległość filogenetyczna żywiciela nie może wyjaśnić zróżnicowania mikroflory korzeniowej.
  7. Nasza praca ujawnia w ciągu 35 mln lat od rozbieżności gospodarzy w dużej mierze zachowaną i taksonomicznie wąską mikrobiotę korzeniową, która obejmuje stabilnych członków społeczności należących do bakterii Actinomycetales, Burkholderiales i Flavo .

Zewnątrzkomórkowy DNA w jedno- i wielogatunkowych nienasyconych biofilmach.

  1. Pozakomórkowe substancje polimerowe (EPS)  biofilmów bakteryjnych  tworzą uwodnioną barierę między komórkami a ich środowiskiem zewnętrznym. Lepsza charakterystyka EPS może być przydatna w zrozumieniu fizjologii biofilmu.
  2. EPS są chemicznie złożone i zmieniają się zarówno pod  wpływem szczepu bakterii , jak  i warunków hodowli.
  3. Wcześniej informowaliśmy, że nienasycony biofilm EPS Pseudomonas aeruginosa zawiera duże ilości zewnątrzkomórkowego DNA (eDNA) (RE Steinberger, AR Allen, HG Hansma i PA Holden, Microb. Ecol. 43:416-423, 2002).
  4. Tutaj zbadaliśmy składowe podobieństwo eDNA do DNA komórkowego, względną ilość eDNA i profil społecznościowy polimorfizmu długości końcowych fragmentów restrykcyjnych (TRFLP) eDNA w biofilmach wielogatunkowych. Analiza losowo zamplifikowanego polimorficznego DNA wykazała, że ​​komórkowy DNA i eDNA są identyczne dla biofilmów P. aeruginosa.
  5. Istotnie więcej eDNA wytworzono w biofilmach P. aeruginosa i Pseudomonas putida niż w biofilmach Rhodococcus erythropolis czy Variovorax paradoxus.
  6. Chociaż ilość eDNA w biofilmach dwugatunkowych była tego samego rzędu wielkości, co w biofilmach jednogatunkowych, ilości te nie były przewidywalne na podstawie pomiarów pojedynczego szczepu.
  7. Na podstawie wskaźnika różnorodności Shannona i analizy głównych składowych profili TRFLP wygenerowanych z genów 16S rRNA, eDNA czterogatunkowych biofilmów różniło się znacznie od komórkowego lub całkowitego DNA tego samego biofilmu.

NATtrol Pneumonia Panel-Quantifiable Bacteria (17 x 0.2 mL, 3 x 1.2 mL)

NATPPQ-BIO Zeptometrix 17 x 0.2 mL, 3 x 1.2 mL 719.76 EUR

NATtrol Pneumonia Panel-Atypical Bacteria & Viruses (12 x 0.2mL, 2 x 1.2 mL)

NATPPA-BIO Zeptometrix 12 x 0.2mL, 2 x 1.2 mL 521.12 EUR

pwtCas9- bacteria

PVT10641 Lifescience Market 2 ug 301 EUR

pgRNA- bacteria

PVT10642 Lifescience Market 2 ug 301 EUR

His-Bacteria-Protein (His-Bacteria-Protein) Antibody

abx233872-100ug Abbexa 100 ug 551 EUR

Recombinant Chlamydia Pneumonia

7-07168 CHI Scientific 100µg Ask for price

Recombinant Chlamydia Pneumonia

7-07169 CHI Scientific 500µg Ask for price

Recombinant Chlamydia Pneumonia

7-07170 CHI Scientific 1000µg Ask for price

Chlamydia Pneumonia Protein

20-abx260191 Abbexa
  • 885.00 EUR
  • 342.00 EUR
  • 1609.00 EUR
  • 0.5 mg
  • 100 ug
  • 1 mg

Mycoplasma pneumonia protein

30-1930 Fitzgerald 1 mg 219 EUR

Chlamydia Pneumonia Protein

30-1980 Fitzgerald 100 ug 354 EUR

Native Bacteria Achromopeptidase

NATE-0022 Creative Enzymes 1g 475 EUR

pdCas9- Bacteria Plasmid

PVT6332 Lifescience Market 2 ug 266 EUR

Human His-Bacteria-Protein (His-Bacteria-Protein) ELISA Kit

abx259620-96tests Abbexa 96 tests 911 EUR

cDNA from Pneumonia: Lung

C1236152Ld-4 Biochain 40 reactions 811 EUR

Bacteria Genomic DNA Kit

20-abx098080 Abbexa
  • 105.00 EUR
  • 244.00 EUR
  • 2 rxns
  • 50 rxns

Gram Positive Bacteria Antibody

abx021739-1mg Abbexa 1 mg 1017 EUR

Gram Positive Bacteria Antibody

abx021740-1mg Abbexa 1 mg 1017 EUR

Bacteria RNA Plus Reagent

R402-01 Vazyme 20 ml 130 EUR

NOCIVE BREWERS BACTERIA AGAR

N14-112-10kg Alphabiosciences 10 kg Ask for price

NOCIVE BREWERS BACTERIA AGAR

N14-112-2Kg Alphabiosciences 2 Kg Ask for price

NOCIVE BREWERS BACTERIA AGAR

N14-112-500g Alphabiosciences 500 g Ask for price

Gram Positive Bacteria Antibody

10-2776 Fitzgerald 1 mg 605 EUR

Gram Positive Bacteria Antibody

10-2777 Fitzgerald 1 mg 605 EUR

Gram Positive Bacteria Antibody

10-2778 Fitzgerald 1 mg 448 EUR

Gram Positive Bacteria Antibody

10-2779 Fitzgerald 1 mg 448 EUR

Total Protein from Pneumonia: Lung

P1236152Ld-4 Biochain 1 mg 461 EUR

Frozen Tissue Section - Pneumonia: Lung

T1236152Ld-4 Biochain 5 slides 465 EUR

Paraffin Tissue Section - Pneumonia: Lung

T2236152Ld-4 Biochain 5 slides 465 EUR

Pneumonia virus of Mice protein

30-1270 Fitzgerald 1 mg 241 EUR

Rapid Bacteria RNA Isolation Kit

BS8625 Bio Basic 50Preps 79.69 EUR

Necrotizing hepatopancreatitis bacteria PCR kit

PCR-V281-48D Bioingentech 50T 453 EUR

Necrotizing hepatopancreatitis bacteria PCR kit

PCR-V281-96D Bioingentech 100T 572 EUR

Antibody for Bacteria HSP16.6 (Cyanobacteria)

SPC-307D Stressmarq 0.1ml 366 EUR

Bacteria beta Galactosidase (GLB1) Protein

abx670038-5mg Abbexa 5 mg 439 EUR

anti- His-Bacteria-Protein antibody

FNab03872 FN Test 100µg 585 EUR

Acid Fast Bacteria Stain Kit

K1424-125 Biovision 338 EUR

Acid Fast Bacteria Stain Kit

K1424-30 Biovision 272 EUR

Anti-His-Bacteria-Protein antibody

PAab03872 Lifescience Market 100 ug 412 EUR

ELISA kit for Mouse Pneumonia virus

KTE71615-48T Abbkine 48T 354 EUR

ELISA kit for Mouse Pneumonia virus

KTE71615-5platesof96wells Abbkine 5 plates of 96 wells 2252 EUR

ELISA kit for Mouse Pneumonia virus

KTE71615-96T Abbkine 96T 572 EUR

Pneumonia virus of mice PCR kit

PCR-V384-48R Bioingentech 50T 823 EUR

Pneumonia virus of mice PCR kit

PCR-V384-96R Bioingentech 100T 1113 EUR

RealScreen Chlamydia pneumonia IgA ELISA Kit

EL004-096 GenDepot 96T 887 EUR

RealScreen Chlamydia pneumonia IgG ELISA Kit

EL005-096 GenDepot 96T 887 EUR

RealScreen Chlamydia pneumonia IgM ELISA Kit

EL006-096 GenDepot 96T 887 EUR

ELISA kit for Rat Pneumonia virus

KTE101139-48T Abbkine 48T 354 EUR

ELISA kit for Rat Pneumonia virus

KTE101139-5platesof96wells Abbkine 5 plates of 96 wells 2252 EUR

ELISA kit for Rat Pneumonia virus

KTE101139-96T Abbkine 96T 572 EUR

Frozen Tissue Section Panel - Mouse Whole Brain Segmentation Panel

T6334035 Biochain 5 slides 931 EUR

Paraffin Tissue Section Panel - Mouse Whole Brain Segmentation Panel

T8334035 Biochain 5 slides 556 EUR

Rapid Bacteria Genomic DNA Isolation Kit

BS8225 Bio Basic 50Preps 76.64 EUR

Mouse antibody for Gram + bacteria LTA

3801 Virostat 100 ug 321.88 EUR

Mouse antibody for Gram + bacteria LTA

3802 Virostat 100 ug 321.88 EUR

Mouse antibody for Gram + bacteria LTA

3803 Virostat 100 ug 321.88 EUR

Mouse antibody for Gram + bacteria LTA

3811 Virostat 100 ug 321.88 EUR

Necrotizing hepatopancreatitis bacteria RT PCR kit

RTq-V281-100D Bioingentech 100T 717 EUR

Necrotizing hepatopancreatitis bacteria RT PCR kit

RTq-V281-150D Bioingentech 150T 808 EUR

Necrotizing hepatopancreatitis bacteria RT PCR kit

RTq-V281-50D Bioingentech 50T 598 EUR

Bacteria Borrelia burgdorferi (B. burgdorferi) Protein

abx670009-1mg Abbexa 1 mg 425 EUR

Bacteria Mycoplasma pneumoniae (M. pneumoniae) Protein

abx670063-1ml Abbexa 1 ml 495 EUR

Bacteria Chlamydia trachomatis (C. trachomatis) Protein

abx670256-1ml Abbexa 1 ml 592 EUR

Prolysol BC Protein extraction buffer, Bacteria

P4100-100 GenDepot 100 rxns 226 EUR

Acid Fast Bacteria (AFB) Stain Kit

FAB-1 ScyTek Laboratories 125 ml ea. 133 EUR

Acid Fast Bacteria (AFB) Stain Kit

FAB-2 ScyTek Laboratories 30 ml ea. 92 EUR

Acid Fast Bacteria (AFB) Stain Kit

FAB-500 ScyTek Laboratories 500 ml ea. 232 EUR

His-Bacteria-Protein ELISA KIT|Human

EF010126 Lifescience Market 96 Tests 689 EUR

FastPure Bacteria DNA Isolation Mini Kit

DC103 Vazyme 100 rxn 177 EUR

Ribo-off rRNA Depletion Kit (Bacteria)

N407-01 Vazyme 12 rxn 423 EUR

Ribo-off rRNA Depletion Kit (Bacteria)

N407-02 Vazyme 24 rxn 680 EUR

Pneumonia virus of mice RT PCR kit

RTq-V384-100R Bioingentech 100T 1311 EUR

Pneumonia virus of mice RT PCR kit

RTq-V384-150R Bioingentech 150T 1787 EUR

Pneumonia virus of mice RT PCR kit

RTq-V384-50R Bioingentech 50T 963 EUR

Recombinant Chlamydia Pneumonia Protein, His, E.coli-100ug

QP11413-100ug EnQuireBio 100ug 218 EUR

Recombinant Chlamydia Pneumonia Protein, His, E.coli-1mg

QP11413-1mg EnQuireBio 1mg 1261 EUR

Recombinant Chlamydia Pneumonia Protein, His, E.coli-500ug

QP11413-500ug EnQuireBio 500ug 663 EUR

Immunoglobulin Panel Kit (OKSB00001)

OKSB00001 Aviva Systems Biology 1 Kit 343 EUR

Mouse Anti-Gram Positive Bacteria Monoclonal Antibody

DMAB3443 Creative Diagnostics 1 mg 1339 EUR

Mouse Anti-Gram Positive Bacteria Monoclonal Antibody

DMAB3444 Creative Diagnostics 1 mg 1339 EUR

One-Tube Bacteria Genomic DNA Isolation Kit

BS8413 Bio Basic 100preps 78.93 EUR

One-Tube Bacteria Genomic DNA Isolation Kit

BS8414 Bio Basic 500Preps, 500prep 165.71 EUR

Necrotizing hepatopancreatitis bacteria One-Step PCR kit

Oneq-V281-100D Bioingentech 100T 866 EUR

Necrotizing hepatopancreatitis bacteria One-Step PCR kit

Oneq-V281-150D Bioingentech 150T 981 EUR

Necrotizing hepatopancreatitis bacteria One-Step PCR kit

Oneq-V281-50D Bioingentech 50T 718 EUR

Bacteria Genomic DNA Kit (No RNase A)

abx098240-50rxns Abbexa 50 rxns 230 EUR

Mouse antibody for Neisseria gonorrhoeae intact bacteria

6142 Virostat 100 ug 321.88 EUR

Mouse antibody for Neisseria gonorrhoeae intact bacteria

6144 Virostat 100 ug 321.88 EUR

Mouse antibody for Neisseria gonorrhoeae intact bacteria

6145 Virostat 100 ug 321.88 EUR

EZ E1 (RNA-Be-Locked) Solution- Bacteria

RT91712 Bio Basic 25ml 72.62 EUR

Bacteria Botulinum Neurotoxin Type B (botB) Protein

20-abx600049 Abbexa
  • 843.00 EUR
  • 453.00 EUR
  • 453.00 EUR
  • 1302.00 EUR
  • 565.00 EUR
  • 100 ug
  • 10 ug
  • 1 mg
  • 200 ug
  • 50 ug

MycoLight™ Live Bacteria Fluorescence Imaging Kit

22409 AAT Bioquest 100 Tests 306 EUR

Pneumonia virus of mice One-Step PCR kit

Oneq-V384-100R Bioingentech 100T 1610 EUR

Pneumonia virus of mice One-Step PCR kit

Oneq-V384-150R Bioingentech 150T 2205 EUR

Pneumonia virus of mice One-Step PCR kit

Oneq-V384-50R Bioingentech 50T 1175 EUR

Rabbit Anti-Mouse Pneumonia Virus (PVM) nucleoprotein antiserum

PVMNP14-S Alpha Diagnostics 100 ul 457 EUR

DiscoveryProbe? Angiogenesis-related Compounds Panel

L1001-5 ApexBio 5 mg/well 1065 EUR

DiscoveryProbe? Apoptosis-related Compounds Panel

L1002-5 ApexBio 5 mg/well 2600 EUR

DiscoveryProbe? Cardiovascular-related Compounds Panel

L1004-5 ApexBio 5 mg/well 3274 EUR

DiscoveryProbe? Metabolism-related Compounds Panel

L1013-5 ApexBio 5 mg/well 6348 EUR

Jednak analizy TRFLP oparte na całkowitym DNA i DNA komórkowym tej społeczności biofilmów dały identyczne wyniki. Dochodzimy do wniosku, że pozakomórkowe wytwarzanie DNA w nienasyconych biofilmach jest zależne od gatunku i że informacja filogenetyczna zawarta w tej puli DNA jest  policzalna  i różna od całkowitego lub komórkowego DNA.

Leave a Reply

Your email address will not be published.