• 9 czerwca, 2022

Bakterie panelowe do oznaczania ilościowego zapalenia płuc

Bakterie  wykorzystują systemy koniugacji, podrodzinę systemów wydzielniczych typu IV, do przenoszenia DNA do komórek biorcy. Pomimo 50 lat badań, architektura i mechanizm działania kanału pośredniczącego w przenoszeniu DNA przez  otoczkę komórkową bakterii  pozostają niejasne. Stosując czuły,  policzalny  test zwany transferową immunoprecypitacją DNA (TrIP), identyfikujemy kontakty między substratem DNA (T-DNA) a 6 z 12 składnikami systemu koniugacji VirB/D4 fitopatogenu Agrobacterium tumefaciens. Nasze wyniki definiują ścieżkę translokacji substratu DNA przez  bakteryjną  maszynę do koniugacji, określając udział każdej podjednostki aparatu wydzielniczego w pasażu substratu.

Zegar replikacji Mycobacterium tuberculosis.

  • Istnieje niewiele narzędzi do oceny replikacji przewlekłych patogenów podczas infekcji. Stanowiło to poważną przeszkodę w zrozumieniu utajonej gruźlicy, a wysiłki zmierzające do opracowania nowych terapii ogólnie zakładają, że  bakterie  replikują się bardzo powoli lub nie replikują w okresie utajenia.
  • Aby monitorować replikację Mycobacterium tuberculosis w gospodarzu, wykorzystujemy niestabilny plazmid, który jest tracony w stałym,  mierzalnym  tempie z dzielących się komórek przy braku selekcji antybiotykami.
  • Stosując model matematyczny, obliczamy   wskaźniki wzrostu i śmiertelności bakterii podczas infekcji myszy.
  • Pokazujemy, że podczas przewlekłej infekcji, skumulowane  obciążenie bakteryjne  , wyliczając całkowite żywe, martwe i usunięte organizmy napotkane przez płuco myszy, jest znacznie wyższe niż oszacowane dla jednostek tworzących kolonie.
  • Nasze dane pokazują, że M. tuberculosis rozmnaża się w trakcie przewlekłej infekcji myszy i jest hamowany przez układ odpornościowy gospodarza. Takie podejście może również rzucić światło na dynamikę replikacji innych przewlekłych patogenów.

Bakterie śluzówkowe i inwazyjne  u pacjentów z nieswoistym zapaleniem jelit w porównaniu z grupą kontrolną.

  • Podejrzewa się, że endogenne  bakterie jelitowe  i/lub specyficzne  patogeny bakteryjne  biorą udział w patogenezie nieswoistych zapaleń jelit (IBD). Celem tego badania było zbadanie tkanek IBD dla różnych  grup populacji bakterii  posiadających powierzchnię błony śluzowej i/lub naciekających błonę śluzową.
  • Skrawki tkanek z resekcji chirurgicznych końcowego odcinka jelita krętego i/lub okrężnicy od 24 pacjentów z IBD (12 aktywnych wrzodziejącego zapalenia jelita grubego (UC), 12 aktywnych chorób Crohna (CD)) i 14 kontroli bez IBD zbadano metodą fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ na wymiernej podstawie.
  •  Na powierzchni błony śluzowej pacjentów z IBD wykryto więcej bakterii niż w grupie kontrolnej bez IBD (P < 0,05). Inwazja bakteryjna błony śluzowej była widoczna w 83,3% próbek okrężnicy od pacjentów z WZJG, w 55,6% jelita krętego i 25% próbek okrężnicy od pacjentów z CD, ale nie   wykryto bakterii w tkankach kontroli.
  • Próbki UC jelita grubego zostały skolonizowane przez różne organizmy, takie jak  bakterie  należące do podgrupy gamma bakterii Proteo, bakterie Entero ceae, klaster Bacteroides/Prevotella, grupa Clostridium histolyticum/Clostridium lituseburense, grupa Clostridium coccides/Eubacterium rectale, wysokie bakterie G + C Gram-dodatnie  lub bakterie redukujące siarczany  , podczas gdy próbki CD zawierały głównie  bakterie należące do pierwszych trzech grup.
  • Zdarzenia patogenne w CD i UC mogą być związane z różnymi zmianami we florze śluzówki jelita krętego i okrężnicy.
Gdzie mikrobiologia spotyka się z mikroinżynierią: projektowanie i zastosowania  bakterii reporterowych.
Bakterie  od dawna są celem manipulacji genetycznych, ale ostatnio zostały syntetycznie zaprojektowane do wykonywania określonych zadań. Jednym z najprostszych z tych zadań jest wykrywanie związków chemicznych i toksyczności w połączeniu z wytwarzaniem  wymiernego  sygnału reporterowego. W tym przeglądzie opisujemy obecny projekt  bioreporterów bakteryjnych  i ich zastosowanie w szeregu testów do pomiaru obecności szkodliwych substancji chemicznych w wodzie, powietrzu, glebie, żywności lub próbkach biologicznych. Zwrócono również uwagę na nowe trendy w integracji biologii syntetycznej i mikroinżynierii z projektowaniem   platform bioreporterów bakteryjnych .

Rozbieżność ilościowa  bakteryjnej  mikrobioty korzeni u krewnych Arabidopsis thaliana.

  1. Rośliny żywią się w strefie kontaktu z glebą charakterystyczną  mikrobiotą bakteryjną związaną z korzeniami  , która, jak się uważa, działa w odżywianiu i zdrowiu roślin. Zbadaliśmy różnorodność mikroflory korzeniowej w ramach filogenetycznych gospodarzy: trzy
  2. Ekotypy Arabidopsis thaliana wraz z siostrzanymi gatunkami Arabidopsis halleri i Arabidopsis lyrata oraz Cardamine hirsuta, która odbiegała od poprzedniego – 35 Mya.
  3. Zbadaliśmy ich mikrobiotę w kontrolowanych warunkach środowiskowych oraz A. thaliana i C. hirsuta w dwóch naturalnych siedliskach. Głębokie profilowanie genów 16S rRNA korzeni i odpowiednich próbek gleby pozwoliło zidentyfikować łącznie 237  mierzalnych rybotypów  bakterii  , z których średnio 73 członków społeczności zostało wzbogaconych w korzenie.
  4. Skład tej mikroflory korzeniowej zależy bardziej od interakcji ze środowiskiem niż z gatunkami żywicieli. Różnorodność mikroflory gatunków między żywicielami jest w dużej mierze ilościowa i jest większa między trzema
  5. Arabidopsis niż trzy ekotypy A. thaliana. Mikrobiotę specyficzną dla gatunku gospodarza zidentyfikowano na poziomie poszczególnych członków społeczności, grup taksonomicznych i całych zbiorowisk korzeni.
  6. Większość tych sygnatur zaobserwowano w odległej filogenetycznie C. hirsuta. Jednak kolejność rozgałęzień filogenezy żywiciela jest niezgodna z międzygatunkową różnorodnością mikroflory korzeniowej, co wskazuje, że sama odległość filogenetyczna żywiciela nie może wyjaśnić zróżnicowania mikroflory korzeniowej.
  7. Nasza praca ujawnia w ciągu 35 mln lat od rozbieżności gospodarzy w dużej mierze zachowaną i taksonomicznie wąską mikrobiotę korzeniową, która obejmuje stabilnych członków społeczności należących do bakterii Actinomycetales, Burkholderiales i Flavo .

Zewnątrzkomórkowy DNA w jedno- i wielogatunkowych nienasyconych biofilmach.

  1. Pozakomórkowe substancje polimerowe (EPS)  biofilmów bakteryjnych  tworzą uwodnioną barierę między komórkami a ich środowiskiem zewnętrznym. Lepsza charakterystyka EPS może być przydatna w zrozumieniu fizjologii biofilmu.
  2. EPS są chemicznie złożone i zmieniają się zarówno pod  wpływem szczepu bakterii , jak  i warunków hodowli.
  3. Wcześniej informowaliśmy, że nienasycony biofilm EPS Pseudomonas aeruginosa zawiera duże ilości zewnątrzkomórkowego DNA (eDNA) (RE Steinberger, AR Allen, HG Hansma i PA Holden, Microb. Ecol. 43:416-423, 2002).
  4. Tutaj zbadaliśmy składowe podobieństwo eDNA do DNA komórkowego, względną ilość eDNA i profil społecznościowy polimorfizmu długości końcowych fragmentów restrykcyjnych (TRFLP) eDNA w biofilmach wielogatunkowych. Analiza losowo zamplifikowanego polimorficznego DNA wykazała, że ​​komórkowy DNA i eDNA są identyczne dla biofilmów P. aeruginosa.
  5. Istotnie więcej eDNA wytworzono w biofilmach P. aeruginosa i Pseudomonas putida niż w biofilmach Rhodococcus erythropolis czy Variovorax paradoxus.
  6. Chociaż ilość eDNA w biofilmach dwugatunkowych była tego samego rzędu wielkości, co w biofilmach jednogatunkowych, ilości te nie były przewidywalne na podstawie pomiarów pojedynczego szczepu.
  7. Na podstawie wskaźnika różnorodności Shannona i analizy głównych składowych profili TRFLP wygenerowanych z genów 16S rRNA, eDNA czterogatunkowych biofilmów różniło się znacznie od komórkowego lub całkowitego DNA tego samego biofilmu.

NATtrol Pneumonia Panel-Quantifiable Bacteria (17 x 0.2 mL, 3 x 1.2 mL)

NATPPQ-BIO Zeptometrix 17 x 0.2 mL, 3 x 1.2 mL 830 EUR

NATtrol Pneumonia Panel-Atypical Bacteria & Viruses (12 x 0.2mL, 2 x 1.2 mL)

NATPPA-BIO Zeptometrix 12 x 0.2mL, 2 x 1.2 mL 588 EUR

Bacteria Mycoplasma pneumoniae (M. pneumoniae) Protein

abx670063-1ml Abbexa 1 ml 594 EUR

MycoLightâ„¢ Fluorimetric CTC Live Bacteria Quantification Kit

22405-100Tests AAT Bioquest 100 Tests 334 EUR

MycoLight™ Fluorimetric CTC Live Bacteria Quantification Kit

22405 AAT Bioquest 100 Tests 334 EUR

Mixed Titer Bacteria Panel for Platelets (12 Samples 0.1 mL)

0820000 Zeptometrix - 488 EUR

Mixed Titer Bacteria Panel for Platelets (12 Samples 0.1 mL)

820000 Zeptometrix 12 Samples 0.1 mL 465 EUR

Bacterial Vaginosis BV Test Card 4 panel

INV-1040 Innovation Biotech 4.0mm (strip in a card) 25cards/box 2 EUR

RecombiVirus Mouse Pneumonia Virus (PVM) IgG ELISA Kit, 96 tests, Quantitative

AE-310400-1 Alpha Diagnostics 1 Kit 680.4 EUR

pgRNA- bacteria

PVT10642 Lifescience Market 2 ug 361.2 EUR

pwtCas9- bacteria

PVT10641 Lifescience Market 2 ug 361.2 EUR

Chlamydia Pneumonia

cht-010 ProSpec Tany 100µg 165 EUR

cDNA - Pneumonia: Lung

C1236152Ld-4 Biochain 40 reactions 899 EUR

Bacteria lysing CK01

HOM1058 Scientific Laboratory Supplies PK50 238.8 EUR

NATtrol K. pneumoniae Stock (Quantitative) (1mL)

NATKPN-STQ Zeptometrix 1 mL 857 EUR

NATtrol S. pneumoniae Stock (Quantitative) (1mL)

NATSPN-STQ Zeptometrix 1 mL 857 EUR

pdCas9- Bacteria Plasmid

PVT6332 Lifescience Market 2 ug 319.2 EUR

Chlamydia Pneumonia Protein

20-abx260191 Abbexa
  • 1062.00 EUR
  • 410.40 EUR
  • 1930.80 EUR
  • 0.5 mg
  • 100 ug
  • 1 mg

Chlamydia Pneumonia Protein

30-1980 Fitzgerald 100 ug 424.8 EUR

Bacteria Genomic DNA Kit

20-abx098080 Abbexa
  • 126.00 EUR
  • 292.80 EUR
  • 2 rxns
  • 50 rxns

AFS.22HF BACTERIA FILTER

HFBCTFAFS Scientific Laboratory Supplies EACH 257.2 EUR

Mycoplasma pneumonia protein

30-1930 Fitzgerald 1 mg 262.8 EUR

Pneumonia virus of mice

PCR-V384-PCRV38448R Bioingentech PCR-V384-48R 485 EUR

Pneumonia virus of mice

PCR-V384-PCRV38496R Bioingentech PCR-V384-96R 685 EUR

Pneumonia virus of mice

Oneq-V384-OneqV384100R Bioingentech Oneq-V384-100R 1028 EUR

Pneumonia virus of mice

Oneq-V384-OneqV384150R Bioingentech Oneq-V384-150R 1438 EUR

Pneumonia virus of mice

Oneq-V384-OneqV38450R Bioingentech Oneq-V384-50R 728 EUR

Bacteria RNA Plus Reagent

R402-01 Vazyme 20 ml 156 EUR

Bacteria lysing CK01-15mL

HOM1096 Scientific Laboratory Supplies PK25 229.2 EUR

Recombinant Chlamydia Pneumonia

7-07168 CHI Scientific 100µg Ask for price

Recombinant Chlamydia Pneumonia

7-07169 CHI Scientific 500µg Ask for price

Recombinant Chlamydia Pneumonia

7-07170 CHI Scientific 1000µg Ask for price

NOCIVE BREWERS BACTERIA AGAR

N14-112-10kg Alphabiosciences 10 kg Ask for price

NOCIVE BREWERS BACTERIA AGAR

N14-112-2Kg Alphabiosciences 2 Kg Ask for price

NOCIVE BREWERS BACTERIA AGAR

N14-112-500g Alphabiosciences 500 g Ask for price

Native Bacteria Achromopeptidase

NATE-0022 Creative Enzymes 1g 570 EUR

Human Chlamydia pneumoniae IgG,Cpn IgG ELISA Kit (Quantitative)

SL0442Hu_1 Sunlong 96 Tests Ask for price

Total Protein - Pneumonia: Lung

P1236152Ld-4 Biochain 1 mg 471 EUR

QPCR Kit DNA Bacteria Domain

MOL6430 Scientific Laboratory Supplies EACH 842.46 EUR

Acid Fast Bacteria Stain Kit

K1424-125 Biovision each 405.6 EUR

Acid Fast Bacteria Stain Kit

K1424-30 Biovision each 326.4 EUR

Chlamydia pneumonia IgA ELISA

E22-HC9097 EnoGene 96T 495 EUR

Chlamydia pneumonia IgG ELISA

E22-HC9098 EnoGene 96T 495 EUR

Chlamydia pneumonia IgM ELISA

E22-HC9099 EnoGene 96T 495 EUR

Gram Positive Bacteria Antibody

10-2776 Fitzgerald 1 mg 726 EUR

Gram Positive Bacteria Antibody

10-2777 Fitzgerald 1 mg 726 EUR

Gram Positive Bacteria Antibody

10-2778 Fitzgerald 1 mg 537.6 EUR

Gram Positive Bacteria Antibody

10-2779 Fitzgerald 1 mg 537.6 EUR

Gram Positive Bacteria Antibody

abx021739-1mg Abbexa 1 mg 1220.4 EUR

Gram Positive Bacteria Antibody

abx021740-1mg Abbexa 1 mg 1220.4 EUR

Counting Chamber Helber Bacteria

COU9100 Scientific Laboratory Supplies EACH 139.7 EUR

QPCR Kit DNA Bacteria DomaiMmix

MOL6432 Scientific Laboratory Supplies EACH 1072.74 EUR

Rapid Bacteria RNA Isolation Kit

BS8625 Bio Basic 50Preps 95.63 EUR

Necrotizing hepatopancreatitis bacteria

PCR-V281-PCRV28148D Bioingentech PCR-V281-48D 230 EUR

Necrotizing hepatopancreatitis bacteria

PCR-V281-PCRV28196D Bioingentech PCR-V281-96D 312 EUR

Necrotizing hepatopancreatitis bacteria

Oneq-V281-OneqV281100D Bioingentech Oneq-V281-100D 515 EUR

Necrotizing hepatopancreatitis bacteria

Oneq-V281-OneqV281150D Bioingentech Oneq-V281-150D 594 EUR

Necrotizing hepatopancreatitis bacteria

Oneq-V281-OneqV28150D Bioingentech Oneq-V281-50D 413 EUR

12 Test System for Neg Bacteria

MIC6708 Scientific Laboratory Supplies PK24 110.58 EUR

Lysis Buffer for Bacteria, pH 8.0

22040068-1 Glycomatrix 500 mL 49.15 EUR

Lysis Buffer for Bacteria, pH 8.0

22040068-2 Glycomatrix 1 L 77 EUR

Human Anti-Mycoplasma Pneumoniae (Mp) IgA ELISA Kit, 96 tests, quantitative

AE-310530-1 Alpha Diagnostics 1 kit 781.2 EUR

Human Anti-Mycoplasma Pneumoniae (Mp) IgG ELISA Kit, 96 tests, quantitative

AE-310535-1 Alpha Diagnostics 1 kit 781.2 EUR

Human Anti-Mycoplasma Pneumoniae (Mp) IgM ELISA Kit, 96 tests, quantitative

AE-310540-1 Alpha Diagnostics 1 kit 781.2 EUR

Pneumonia virus of Mice protein

30-1270 Fitzgerald 1 mg 289.2 EUR

PMA Real-Time PCR Bacterial Viability Kit - Legionella pneumophila (mip)

31053 Biotium 1kit 513.6 EUR

Acid Fast Bacteria (AFB) Stain Kit

FAB-1 ScyTek Laboratories 125 ml ea. 159.6 EUR

Acid Fast Bacteria (AFB) Stain Kit

FAB-2 ScyTek Laboratories 30 ml ea. 110.4 EUR

Acid Fast Bacteria (AFB) Stain Kit

FAB-500 ScyTek Laboratories 500 ml ea. 278.4 EUR

Bacteria-Derived Collagenase Purified

IBCTCLSPF4KU Innovative research each 157 EUR

S. pneumonia MurC - for 100 assays

MURC-100SP ProFoldin 100 assays 309.4 EUR

S. pneumonia MurF - for 100 assays

MURF-100SP ProFoldin 100 assays 309.4 EUR

S. pneumonia PncB - for 100 assays

PNCB-100SP ProFoldin 100 assays 309.4 EUR

Pneumonia virus of mice PCR kit

PCR-V384-48R Bioingentech 50T 987.6 EUR

Pneumonia virus of mice PCR kit

PCR-V384-96R Bioingentech 100T 1335.6 EUR

Petrifilm Lactic Acid Bacteria Plates

6462 Scientific Laboratory Supplies PK500 1084.8 EUR

Bacteria-Derived Deoxyribonucleic Acid

IBCTDNA10MG Innovative research each 199 EUR

Rat pneumonia virus (PV) ELISA Kit

SL1018Ra Sunlong - 498 EUR

Mouse antibody for Gram + bacteria LTA

3802 Virostat 100 ug 386.26 EUR

Mouse antibody for Gram + bacteria LTA

3803 Virostat 100 ug 386.26 EUR

Mouse antibody for Gram + bacteria LTA

3811 Virostat 100 ug 386.26 EUR

Bacteria-Derived Diaphorase Lyophilized

IBCTDTLY1KU Innovative research each 96 EUR

Bacteria-Derived Diaphorase Lyophilized

IBCTDTLY2KU Innovative research each 143 EUR

Frozen Tissue Section - Pneumonia: Lung

T1236152Ld-4 Biochain 5 slides 475 EUR

ELISA kit for Rat Pneumonia virus

KTE101139-48T Abbkine 48T 424.8 EUR

ELISA kit for Rat Pneumonia virus

KTE101139-5platesof96wells Abbkine 5 plates of 96 wells 2702.4 EUR

ELISA kit for Rat Pneumonia virus

KTE101139-96T Abbkine 96T 686.4 EUR

Bacteria Genomic DNA Kit (No RNase A)

abx098240-50rxns Abbexa 50 rxns 276 EUR

Paraffin Tissue Section - Pneumonia: Lung

T2236152Ld-4 Biochain 5 slides 475 EUR

Bacteria beta Galactosidase (GLB1) Protein

abx670038-5mg Abbexa 5 mg 526.8 EUR

Ribo-off rRNA Depletion Kit (Bacteria)

N407-01 Vazyme 12 rxn 507.6 EUR

Ribo-off rRNA Depletion Kit (Bacteria)

N407-02 Vazyme 24 rxn 816 EUR

ELISA kit for Mouse Pneumonia virus

KTE71615-48T Abbkine 48T 424.8 EUR

ELISA kit for Mouse Pneumonia virus

KTE71615-5platesof96wells Abbkine 5 plates of 96 wells 2702.4 EUR

ELISA kit for Mouse Pneumonia virus

KTE71615-96T Abbkine 96T 686.4 EUR

Antibody for Bacteria HSP16.6 (Cyanobacteria)

SPC-307D Stressmarq 0.1ml 439.2 EUR

Hamster pneumonia virus (PV)ELISA Kit

SL0001Ha Sunlong - 528 EUR

Pneumonia virus of mice RT PCR kit

RTq-V384-100R Bioingentech 100T 1573.2 EUR

Pneumonia virus of mice RT PCR kit

RTq-V384-150R Bioingentech 150T 2144.4 EUR

Pneumonia virus of mice RT PCR kit

RTq-V384-50R Bioingentech 50T 1155.6 EUR

Jednak analizy TRFLP oparte na całkowitym DNA i DNA komórkowym tej społeczności biofilmów dały identyczne wyniki. Dochodzimy do wniosku, że pozakomórkowe wytwarzanie DNA w nienasyconych biofilmach jest zależne od gatunku i że informacja filogenetyczna zawarta w tej puli DNA jest  policzalna  i różna od całkowitego lub komórkowego DNA.

Dodaj komentarz

Twój adres e-mail nie zostanie opublikowany. Wymagane pola są oznaczone *