• 9 czerwca, 2022

Wydajność i moc w genetyce.

  • Zbadaliśmy selekcję i analizę znaczników SNP do badań asocjacyjnych całego genomu, szczegółowo badając związek między inwestycjami w genotypowanie a mocą statystyczną. Czy metody parami lub multimarkerami  maksymalizują wydajność i moc? W jakim stopniu zasilanie jest zagrożone, gdy tagi są wybierane z niekompletnego zasobu, takiego jak HapMap? Odpowiedzieliśmy na te pytania, korzystając z danych genotypowych z projektu HapMap ENCODE, badań asocjacyjnych symulowanych w realistycznym modelu choroby oraz korekty empirycznej dla testowania wielu hipotez.Pokazujemy metodę tagowania opartą na haplotypach, która jednolicie przewyższa testy z jednym markerem i metody ustalania priorytetów, które znacznie zwiększają wydajność tagowania. Badanie wszystkich obserwowanych haplotypów pod kątem powiązania, a nie tylko tych, które są odpowiednikami znanych SNP, zwiększa moc wykrywania rzadkich alleli przyczynowych, kosztem zmniejszonej mocy do wykrywania wspólnych alleli przyczynowych. Moc jest odporna na kompletność panelu referencyjnego, z którego wybierane są znaczniki. Te odkrycia mają znaczenie dla priorytetyzacji znaczników SNP i interpretacji badań asocjacyjnych.

    Wiele biomarkerów do przewidywania pierwszych poważnych zdarzeń sercowo-naczyniowych i zgonów.

    • Niewiele badań oceniło rosnącą przydatność wielu biomarkerów z różnych ścieżek biologicznych w przewidywaniu ryzyka zdarzeń sercowo-naczyniowych.
    • Zmierzyliśmy 10 biomarkerów u 3209 uczestników rutynowego cyklu badań Framingham Heart Study: poziomy białka C-reaktywnego, peptydu natriuretycznego typu B, N-końcowego proprzedsionkowego peptydu natriuretycznego, aldosteronu, reniny, fibrynogenu, D-dimeru , inhibitor aktywatora plazminogenu typu 1 i homocysteina; oraz stosunek albuminy do kreatyniny w moczu.
    • Podczas obserwacji (mediana 7,4 roku) zmarło 207 uczestników, au 169 wystąpiło pierwsze poważne zdarzenie sercowo-naczyniowe. W modelach proporcjonalnych zagrożeń Coxa z uwzględnieniem konwencjonalnych czynników ryzyka, następujące biomarkery najsilniej przewidywały ryzyko zgonu (po każdym biomarkerze następuje skorygowany współczynnik ryzyka na przyrost o 1 SD w wartościach log): Poziom peptydu natriuretycznego typu B (1,40) ), poziom białka C-reaktywnego (1,39), stosunek albuminy do kreatyniny w moczu (1,22), poziom homocysteiny (1,20) i poziom reniny (1,17).
    • Biomarkerami, które najsilniej przewidywały poważne zdarzenia sercowo-naczyniowe, były poziom peptydów natriuretycznych typu B (skorygowany współczynnik ryzyka, 1,25 na przyrost 1 SD w wartościach log) oraz stosunek albuminy w moczu do kreatyniny (1,20). Osoby z punktacją „ multimarker ” (na podstawie współczynników regresji istotnych biomarkerów) w najwyższym kwintylu w porównaniu z osobami z wynikami w dwóch najniższych kwintylach miały podwyższone ryzyko zgonu (skorygowany współczynnik ryzyka, 4,08; p<0,001) i poważne zdarzenia sercowo-naczyniowe (skorygowany współczynnik ryzyka 1,84; P=0,02). Jednak dodanie wyników  wielomarkerowych  do konwencjonalnych czynników ryzyka spowodowało jedynie niewielki wzrost zdolności do klasyfikowania ryzyka, mierzonego statystyką C.
    • Do oceny ryzyka u poszczególnych osób zastosowanie 10 współczesnych biomarkerów, które badaliśmy, dodaje tylko umiarkowanie do standardowych czynników ryzyka.

    Zaawansowana analiza zestawu SNP do badań asocjacyjnych całego genomu w przypadku kontroli przypadków.

    • GWAS stał się popularnym narzędziem do identyfikacji wariantów genetycznych, które są związane z ryzykiem choroby. Standardowa analiza przypadku-kontrolnego GWAS obejmuje ocenę związku między każdym indywidualnym genotypowanym SNP a ryzykiem choroby.
    • Podejście to ma jednak ograniczoną powtarzalność i trudności w wykrywaniu efektów multi-SNP i epistatycznych. Jako alternatywną strategię analityczną proponujemy grupowanie SNP w zestawy SNP na podstawie bliskości cech genomowych, takich jak geny lub bloki haplotypów, a następnie testowanie wspólnego efektu każdego zestawu SNP.
    • Testowanie każdego zestawu SNP odbywa się za pomocą testu logistycznego opartego na maszynie jądra, który opiera się na statystyce, która pozwala na elastyczne modelowanie epistatycznych i nieliniowych efektów SNP. Ta elastyczność i zdolność do naturalnego dostosowania się do efektów współzmiennych są ważnymi cechami naszego testu, które czynią go atrakcyjnym w porównaniu z indywidualnymi testami SNP i istniejącymi  testami wielomarkerowymi  .
    • Korzystając z symulowanych danych opartych na międzynarodowym projekcie HapMap, pokazujemy, że testowanie zestawu SNP może mieć większą moc w porównaniu ze standardową analizą pojedynczych SNP w szerokim zakresie ustawień.
    • W szczególności stwierdzamy, że nasze podejście ma większą moc niż analiza pojedynczych SNP, gdy mediana korelacji między wariantem podatności na chorobę a genotypowanymi SNP jest umiarkowana do wysokiej. Gdy korelacja jest niska, zarówno analiza poszczególnych SNP, jak i analiza zbioru SNP mają zwykle niską moc. Stosujemy analizę zestawu SNP do analizy danych z fazy odkrycia GWAS raka piersi (CGEMS).

    SITVITWEB — ogólnodostępna międzynarodowa  baza danych multimarkerów  do badania różnorodności genetycznej i epidemiologii molekularnej Mycobacterium tuberculosis.

    1. Wśród różnych metod genotypowania do badania polimorfizmu genotypowego Mycobacterium tuberculosis complex (MTC), spoligotypowania i mykobakterii przeplatanych powtarzalnych jednostek, zmienna liczba powtórzeń tandemowych DNA (MIRU-VNTR) zyskała ostatnio międzynarodową aprobatę jako solidne, szybkie i powtarzalne metody typowania generujące dane w przenośny format.
    2. Spoligotyping stanowił szkielet publicznie dostępnej bazy danych SpolDB4 wydanej w 2006 roku; niemniej jednak ta metoda ma niską moc dyskryminacyjną, gdy jest stosowana samodzielnie i powinna być idealnie stosowana w połączeniu z drugą metodą typowania, taką jak MIRU-VNTR, do badań epidemiologicznych o wysokiej rozdzielczości.
    3. Niniejszym opisujemy publicznie dostępną międzynarodową bazę danych o nazwie SITVITWEB, która zawiera takie  dane wielomarkerowe ,  które pozwalają uzyskać globalną wizję różnorodności genetycznej MTC na całym świecie, opartą na 62 582 izolatach klinicznych odpowiadających 153 krajom pochodzenia pacjentów (105 krajów izolacji).
    4. Przedstawiamy łącznie 7105 wzorów spoligotypów (odpowiadających 58 180 izolatom klinicznym) – pogrupowanych na 2740 wspólnych typów lub międzynarodowych typów spoligotypów (SIT) zawierających 53 816 izolatów klinicznych i 4364 wzory sieroce.
    5. Co ciekawe, tylko 7% izolatów MTC na całym świecie było sierotami, podczas gdy ponad połowa izolatów poddanych SIT (n=27059) była ograniczona tylko do 24 najbardziej rozpowszechnionych SIT. Baza danych zawiera również łącznie 2379 wzorów MIRU (z 8161 izolatów klinicznych) z 87 krajów pochodzenia pacjentów (35 krajów izolacji); zostały one pogrupowane w 847 wspólnych typów lub
    6. Międzynarodowe typy MIRU (MIT) zawierające 6626 izolatów i 1533 wzory sieroce. Wreszcie, dane dotyczące dokładnych powtórzeń tandemowych (ETR) w 5 locus były dostępne dla 4626 izolatów z 59 krajów pochodzenia pacjentów (22 kraje izolacji); zaobserwowano łącznie 458 różnych wzorców VNTR – podzielonych na 245 wspólnych typów lub VNTR International Types (VIT) zawierających 4413 izolatów) i 213 wzorców sierocych.
    7. Eksploracja danych w SITVITWEB umożliwiła ponadto aktualizację zasad definiujących linie genotypowe MTC, a także uzyskanie nowego wglądu w strukturę populacji MTC i rozmieszczenie na świecie na poziomie krajowym, subregionalnym i kontynentalnym.
    8. Na poziomie ewolucyjnym zebrane dane mogą być przydatne do rozróżnienia okazjonalnej zbieżnej ewolucji genotypów od specyficznej ewolucji podlinii, na które zasadniczo wpływa adaptacja do gospodarza.

    Asocjacja całego genomu dla schizofrenii w badaniu CATIE: wyniki etapu 1.

    • Niewiele wiadomo na pewno o genetyce schizofrenii. Pojawienie się asocjacji całego genomu było powszechnie oczekiwane jako obiecujący sposób identyfikacji powtarzalnej zmienności sekwencji DNA związanej z tym ważnym i wyniszczającym zaburzeniem.
    • W sumie 738 przypadków schizofrenii DSM-IV (wszyscy uczestnicy badania CATIE) i 733 grupy kontrolne w dopasowanych grupach poddano genotypowaniu pod kątem 492 900 polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP) przy użyciu dwuchipowej platformy do genotypowania Affymetrix 500K oraz niestandardowego wypełnienia 164K. w chipie .
    • Po wielu krokach kontroli jakości dla obu badanych i SNP, logistyczne analizy regresji zostały użyte do oceny dowodów na związek wszystkich SNP ze schizofrenią. Zidentyfikowaliśmy szereg obiecujących SNP do badań kontrolnych, chociaż żaden SNP lub  kombinacja multimarkerów  SNP nie osiągnęły istotności statystycznej dla całego genomu.
    • Chociaż kilka sygnałów zbiegło się z regionami genomu wcześniej zaangażowanymi w schizofrenię, nie można było wykluczyć przypadku. Dane te nie dostarczają dowodów na udział jakiegokolwiek regionu genomowego w schizofrenii wykrywalnej przy średniej wielkości próby.

    .

NATtrol RP Multimarker Control Pack (6 X 0.75 mL)

MDZ001 Zeptometrix 6 X 0.75 mL 549 EUR

SUMO-GFP (Multi-Protease Control Protein)

M1072-250 Biovision each 691.2 EUR

SUMO-GFP (Multi-Protease Control Protein)

M1072-50 Biovision each 216 EUR

CD Marker Multi-Tumor control slides, set of 5

TS902 Innovex Set of 5 145 EUR

CD Marker Multi-Tumor control slides, set of 25

TS902-25 Innovex Set of 25 395 EUR

Core Panel Multi-Tumor control slides, set of 5

TS900 Innovex Set of 5 145 EUR

Core Panel Multi-Tumor control slides, set of 25

TS900-25 Innovex Set of 25 425 EUR

Breast Panel Multi-Tumor control slides, set of 5

TS901 Innovex Set of 5 145 EUR

Breast Panel Multi-Tumor control slides, set of 25

TS901-25 Innovex Set of 25 395 EUR

Multiple lymphoma tissue array with normal tissue as control

LM481c TissueArray each 198 EUR

Multiple pancreatic cancer with 4 normal tissues control from autopsy

PA481 TissueArray each 138 EUR

Multiple cancer tissue array with matched or unmatched normal control

MC802 TissueArray each 306 EUR

Multiple cervix cancer tissue array with normal tissue control from autopsy

CR483 TissueArray each 198 EUR

Multiple Kidney cancer tissue array with normal tissue control from autopsy

KD483 TissueArray each 168 EUR

Multiple skin cancer tissue array with 4 normal tissue control from autopsy

SK482 TissueArray each 168 EUR

Multiple liver cancer tissue array with 4 normal tissues control from autopsy

LV482 TissueArray each 168 EUR

Multiple cervix cancer tissue array with 4 normal tissues control from autopsy

CR482 TissueArray each 198 EUR

Rat Sodium-dependent Multi-Vitamin Transporter (SMVT) ), control/blocking peptide # 1

SMVT11-P Alpha Diagnostics 100 ug 196.8 EUR

Multiple organ digestive system diseased tissue array with normal tissue as control

BCC000128 TissueArray each 198 EUR

Multiple parts of skin squamous cell carcinoma tissue array with normal tissues as control

SK483 TissueArray each 168 EUR

Multiple organ cancer tissue array with matched non-metastatic lymph node tissue as control

NMET961 TissueArray each 204 EUR

GC Control

A23 DataApex - 600 EUR

LC Control

A24 DataApex - 600 EUR

AS Control

A26 DataApex - 330 EUR

Multiple Tumor Tissue Array - 47 different tumors and their corresponding normal tissues, plus 2 control spots

T8235713-2 Biochain 2 slides 391 EUR

Multiple Tumor Tissue Array - 47 different tumors and their corresponding normal tissues, plus 2 control spots

T8235713-5 Biochain 5 slides 986 EUR

Multiple Tumor Tissue Array - 12 types of human tissues in duplicates, designed as universal control for >90% routine IH

Z7020083 Biochain 5 slides 321.6 EUR

pMD18- Control

PVT10563 Lifescience Market 2 ug 319.2 EUR

pMD19- Control

PVT10564 Lifescience Market 2 ug 319.2 EUR

Control Slides

24012-1 Polysciences Europe GmbH 1box 78 EUR

Dengue Control

ant-543 ProSpec Tany 100µg 165 EUR

Rat neurofascin (Nfasc)-control Control/blocking peptide

AB-23249-CP Alpha Diagnostics 100ug 196.8 EUR

Quality Control

abx098966-1vial Abbexa 1 vial 360 EUR

Rat IgG-PE conjugate (isotype control) (Isotype control)

20005-PE Alpha Diagnostics 25 tests 242.4 EUR

Rat IgG-HRP conjugate (isotype control) (Isotype control)

20005-HP Alpha Diagnostics 100 ug 196.8 EUR

NATtrol Norovirus Negative Control (6 x 0.125mL)

NATROTA-6MC Zeptometrix 6 x 0.125mL 203 EUR

Rat IgG-FITC conjugate (isotype control) (Isotype control)

20005-F Alpha Diagnostics 100 ug 196.8 EUR

PIPET CONTROLLER CONTROL BOARD

357484 CORNING 1/pk 104.4 EUR

Rat IgG-Biotin conjugate (isotype control) (Isotype control)

20005-B Alpha Diagnostics 100 ug 196.8 EUR

Goat IgG (-ve control for flow cytometry) (isotype control)

20011-100 Alpha Diagnostics 100 test 123.6 EUR

Control siRNA Vector (pGB-control)

9500C-20 Biovision each 405.6 EUR

NATtrol Candida/TV Positive Control (ea)

NATCTVPOS-BD Zeptometrix ea 446 EUR

Rat Control IgG

AC034 Abclonal 100 ul 159.6 EUR

NATtrol RSV Positive Control (6 x 0.5mL)

NATRSV-6C Zeptometrix 6 x 0.5mL 222 EUR

NATtrol BV Negative Control (6 X 0.15mL)

NATBVNEG-BD Zeptometrix 6 X 0.15mL 295 EUR

NATtrol BV Positive Control (6 X 0.15mL)

NATBVPOS-BD Zeptometrix 6 X 0.15mL 446 EUR

NATtrol Parainfluenza Control (6 X 0.5mL)

NATPIV-ERC Zeptometrix 6 X 0.5mL 265 EUR

NATtrol AdV/hMPV/HRV Control (6 X 0.5mL)

NATAMR-ERC Zeptometrix 6 X 0.5mL 227 EUR

Goat IgG control

31R-AG001 Fitzgerald 1 mg 152.4 EUR

Goat IgG Control

GT15900 Neuromics 1 mg 199.2 EUR

MG-BSA Control

STA-306 Cell Biolabs 100 µg 386.4 EUR

NATtrol Norovirus GI Positive Control (6 x 0.125mL)

NATNOVI-6MC Zeptometrix 6 x 0.125mL 205 EUR

Mouse IgG Control

10R-I169A Fitzgerald 250 ug 152.4 EUR

Mouse Control IgG

AC011 Abclonal 100 ul 159.6 EUR

Mouse IgM Control

ICIGMF-100 ImmunoStep 100 µg 239.4 EUR

Mouse IgM Control

ICIGMPU-100 ImmunoStep 100 µg 239.4 EUR

human IgM control

E4A11C04 EnoGene 50ug 255 EUR

human IgE control

E4A11C05 EnoGene 50ug 255 EUR

CEL-BSA Control

STA-302 Cell Biolabs 100 µg 386.4 EUR

CML-BSA Control

STA-314 Cell Biolabs 100 µg 386.4 EUR

MDA-BSA Control

STA-333 Cell Biolabs 100 µg 386.4 EUR

HNE-BSA Control

STA-335 Cell Biolabs 100 µg 386.4 EUR

NATtrol EV Negative Control (6 X 0.2 mL)

NATEVNEG-6MC Zeptometrix 6 X 0.2 mL 208 EUR

NATtrol EV Positive Control (6 X 0.2 mL)

NATEVPOS-6MC Zeptometrix 6 X 0.2 mL 208 EUR

NATtrol SA Positive Control (6 X 0.5 mL)

NATMSSA-6MC Zeptometrix 6 X 0.5 mL 311 EUR

NATtrol SA Positive Control  (6 X 0.5 mL)

NATMSSA-6MC-IVD Zeptometrix 6 X 0.5 mL 331 EUR

NATtrol EV Positive Control (6 X 0.5 mL)

MDZ055 Zeptometrix 6 X 0.2 mL 208 EUR

NATtrol EV Negative Control (6 X 0.5 mL)

MDZ056 Zeptometrix 6 X 0.2 mL 208 EUR

NATtrol SA Positive Control (6 X 0.5 mL)

MDZ061 Zeptometrix 6 X 0.5 mL 378.24 EUR

NATtrol Norovirus GII Positive Control (6 x 0.125mL)

NATNOVII-6MC Zeptometrix 6 x 0.125mL 205 EUR

NATtrol EP Control (12 x 0.25 mL; 2 x 1mL)

NATEPC-NNS Zeptometrix 12 x 0.25 mL; 2 x 1mL 452 EUR

EUROSTAR 200 control Overhead Stirrer with wireless control unit

STI2876 Scientific Laboratory Supplies EACH 5433.6 EUR

EUROSTAR 100 control Overhead Stirrer with wireless control unit

STI2878 Scientific Laboratory Supplies EACH 3648 EUR

NATtrol MRSA Positive Control (6 x 0.35mL)

NATMRSA-6L Zeptometrix 6 x 0.35mL 277 EUR

Rabbit Control IgG

AC005 Abclonal 100 ul 159.6 EUR

Rabbit IgG Control

31R-AR001 Fitzgerald 500 ug 159.6 EUR

Human IgG1 Control

HY-P9900 MedChemExpress 5mg 776.4 EUR

Mouse IgG1 Control

ICIGG1A-50 ImmunoStep 50 µg 387.6 EUR

Mouse IgG1 Control

ICIGG1AC750-50 ImmunoStep 50 µg 855.6 EUR

Mouse IgG1 Control

ICIGG1CFB-100 ImmunoStep 100 µg 387.6 EUR

Mouse IgG1 Control

ICIGG1F-100 ImmunoStep 100 µg 239.4 EUR

Mouse IgG1 Control

ICIGG1PE-50 ImmunoStep 50 µg 387.6 EUR

Mouse IgG1 Control

ICIGG1PP-100 ImmunoStep 100 µg 387.6 EUR

Mouse IgG1 Control

ICIGG1PP5.5-100 ImmunoStep 100 µg 387.6 EUR

Mouse IgG1 Control

ICIGG1PU-100 ImmunoStep 100 µg 239.4 EUR

Mouse IgG3 Control

ICIGG3A-50 ImmunoStep 100 µg 777.6 EUR

Mouse IgG3 Control

ICIGG3CFB-100 ImmunoStep 100 µg 465.6 EUR

Mouse IgG3 Control

ICIGG3F-100 ImmunoStep 100 µg 387.6 EUR

Mouse IgG3 Control

ICIGG3PE-50 ImmunoStep 50 µg 621.6 EUR

Mouse IgG3 Control

ICIGG3PU-100 ImmunoStep 100 µg 387.6 EUR

VACUUM CONTROL KIT

ZAFSVCKIT Scientific Laboratory Supplies EACH 381.24 EUR

human IgG1 control

E4A11C03 EnoGene 50ug 255 EUR

NATtrol GBS Negative Control (6 X 0.5 mL)

NATLAC-6MC Zeptometrix 6 X 0.5 mL 313 EUR

NATtrol GBS Negative Control (6 X 0.5 mL)

NATLAC-6MC-IVD Zeptometrix 6 X 0.5 mL 333 EUR

NATtrol RSV Positive Control (6 X 0.5 mL)

NATRSV-6C-IVD Zeptometrix 6 X 0.5 mL 242 EUR

NATtrol GBS Positive Control (6 x 0.25 mL)

NATSAG-6L Zeptometrix 6 x 0.25 mL 272 EUR

NATtrol GBS Positive Control (6 X 0.5 mL)

NATSAG-6MC Zeptometrix 6 X 0.5 mL 313 EUR

NATtrol GBS Positive Control (6 x 0.5 mL)

NATSAG-6MC-IVD Zeptometrix 6 x 0.5 mL 333 EUR

NATtrol RSV Positive Control (6 X 0.5 mL)

MDZ047 Zeptometrix 6 X 0.5 mL 278.4 EUR

NATtrol GBS Positive Control (6 x 0.5 mL)

MDZ053 Zeptometrix 6 x 0.5 mL 378.24 EUR

Jednak planowane badanie asocjacyjne całego genomu dotyczące fenotypów odpowiedzi i włączenie danych dotyczących poszczególnych fenotypów i genotypów z tego badania do metaanaliz daje nadzieję na ostateczną identyfikację podatności i wariantów ochronnych.

Dodaj komentarz

Twój adres e-mail nie zostanie opublikowany. Wymagane pola są oznaczone *